En lo que es el método que se ha implementado desde este año, la CONMEBOL realizó por primera vez un sorteo para los cruces de la segunda fase de la Copa Sudamericana, la misma que dejó definidos los rivales y las llaves con las que se terminará de definir esta competencia.
Para la segunda etapa, la Copa Sudamericana contará con los equipos que clasificaron en la primera fase de esta competencia además de los equipos que se ubicaron en el tercer lugar de sus respectivos grupos de la Copa Libertadores, los mismos que seguirán con vida en esta competencia.
Las llaves quedaron definidas de la siguiente manera:
Llave 1: Racing vs. Independiente Medellín
Llave 2: Deportivo Cali vs. Junior
Llave 3: Palestino vs. Flamengo
Llave 4: Nacional Potosí vs. Estudiantes
Llave 5: Independiente vs. Deportes Iquique
Llave 6: Bolívar vs. Liga de Quito
Llave 7: Ponte Preta vs. Sol de América
Llave 8: Fuerza Amarilla vs. Independiente Santa Fe
Llave 9: Huracán vs. Libertad
Llave 10: Sport Recife vs. Arsenal
Llave 11: Fluminense vs. U. Católica
Llave 12: Oriente Petrolero vs. Atl. Tucumán
Llave 13: Nacional vs. Olimpia
Llave 14: Defensa y Justicia vs. Chapecoense
Llave 15: Cerro Porteño vs. Boston Rivers
Llave 16: Patriotas vs. Corinthians