Pese a los problemas económicos a inicios de año y las estadísticas en contra, El Nacional concluyó una gran temporada clasificando a la Copa Libertadores del 2017.
Los dirigidos por Eduardo Favaro sumaron un empate en su visita al Deportivo Cuenca en el estadio Alejandro Serrano Aguilar, y con 65 puntos el cuadro ‘Militar’ se mete a la fase 2 de la Copa Libertadores, donde lucharán por avanzar a la fase 3 y posteriormente meterse a la fase de grupos.
A los 20 minutos, Adolfo Muñoz abrió el marcador a favor de El Nacional. El gol del empate del Deportivo Cuenca se dio 26 minutos después por medio de Jacobo Kuffaty.
Durante el segundo tiempo el marcador no se movió y el partido terminó con un marcador uno a uno.
